Organizaciones integrantes de AELAPI según el Acta Fundacional de 2011
CIMI (Brasil) Consejo Indigenista Misionero.
CETA (Perú) Centro de Estudios Teológicos de la Amazonía.
CENAMI (México) Centro Nacional de Ayuda a las Misiones Indígenas.
ENDEPA (Argentina) Equipo Nacional de Pastoral Aborigen.
CONAPI (Paraguay) Coordinación Nacional de Pastoral Indígena.
CONAPI (Panamá) Coordinación Nacional de Pastoral Indígena.
CLAI/CMI Consejo Latinoamericano de Iglesias/Consejo Mundial de Iglesias.
IDECA (Perú) Instituto de Estudios y Cultura Andina.
ILAMIS (Bolivia) Instituto Latinoamericano de Misionología.
CONAPI (Guatemala) Coordinación Nacional de Pastoral Indígena.